中醫藥系是江西省醫藥學校、江西省醫藥技師學院的一個重要的教學單位，伴隨著學校38年的建設與發展歷程，不斷發展壯大，現有普通全日制在校生2100余人。中醫藥系注重專業建設，重點發揮中國傳統文化特色，開設專業有中藥、中藥（預備技師）、中醫康復技術、康復保健四個專業，其中中藥專業為國家級示范校重點專業、國家級高技能人才培訓基地重點專業及省級精品專業，中醫康復技術、康復保健是校企深度合作專業。同時，以產教融合為平臺，通過建昌幫傳人收徒，挖掘整理傳承江西省非遺建昌幫文化和技藝，并與國內知名企業校企合作，探索并實踐五結合現代學徒制人才培養，堅持立德樹人，培養德智體美勞全面發展的高素質技能型人才。

中醫藥系打造了一支國家級職業教育教師教學創新團隊和一支江西省職業教育教師教學創新團隊，取得了豐碩的教學教研成果。成立了國家級吳劍技能大師工作室、江西省教育系統羅玲英名師工作室。榮獲國家教學成果一等獎1項，成立了國家級、省級吳劍中藥炮制技能大師工作室，江西省教育系統羅玲英名師工作室，打造了一支國家級教學名師團隊。團隊擁有國家級技能大師1名、江西省黃炎培優秀教師1名、江西省能工巧匠2名、江西省出彩教師3名、江西省首席技師3名、江西省技術技能名師培育對象5名。團隊教師主持完成國家級課題3項，主持省級重點課題等5項；主持食品藥品行指委職業技能標準制定3項，參與制定教育部專業教學標準制定2項；主持國家級教學資源庫 3項，世界銀行貸款云南職業教育發展項目《中藥炮制技術》教學資源庫共建共享項目1個，主編“十四五”等國家規劃教材11本。教師獲國家級教學能力大賽等賽項一等獎1個，三等獎4個，省級教學類大賽一等獎5個，獲全國職業院校中等職業學校、省級班主任能力比賽三等獎1項、一等獎1項，教師獲國家級優秀指導教師13人次。學生競賽成績斐然，先后參加全國技能競賽獲一等獎10個，二等獎12個， 獲“挑戰杯-彩虹人生”全國職業學校創新創效創業大賽三等獎2個。

中醫藥系累計為企事業單位培養了近萬名服務于生產、經營、管理一線的中醫藥類高素質技術技能人才。培養的學生理論功底扎實，動手能力強，深受用人單位的歡迎。學生畢業就業環境好，薪資待遇高，歷年就業率均保持在99%以上，學生就業滿意度均保持在95%以上。